Siswa SMA kelas dua, Ichirou Satou, selalu menjadi orang biasa—sampai ia bertemu dengan beberapa situasi yang tidak biasa dengan gurunya, Kana "The Demon" Kojima. Kojima adalah guru bahasa Jepang Satou yang terkenal kejam sehingga bahkan anak-anak nakal pun tunduk padanya. Suatu hari yang menentukan, segalanya memanas ketika Satou bertemu Kojima di toilet, membuat mereka berbagi pertemuan intim yang membuat imajinasinya tak terkendali selama berhari-hari setelahnya.

Nande Koko ni Sensei ga? mengikuti kehidupan sehari-hari Satou dan gurunya saat mereka terus bertemu dalam kondisi yang sama, semakin dekat dengan setiap pertemuan.