Tujuh Misteri terkenal yang sepertinya dimiliki setiap sekolah adalah bagian tak terpisahkan dari legenda urban Jepang. Salah satu kisah paling terkenal di antaranya adalah tentang Hanako-san: arwah seorang gadis muda yang menghantui toilet sekolah.

Akademi Kamome memiliki versinya sendiri dari legenda Hanako-san. Desas-desus menyebutkan bahwa jika seseorang berhasil memanggil Hanako-san, ia akan mengabulkan permintaan sang pemanggil. Tergoda oleh gosip tersebut, banyak orang mencoba untuk memanggilnya, namun semua usaha selalu gagal. Akan tetapi, ketika Nene Yashiro—seorang gadis yang berharap mendapatkan keberuntungan dalam cinta—nekat memanggil Hanako-san, ia justru menemukan bahwa sosok "gadis" yang dirumorkan itu ternyata seorang anak laki-laki!

Setelah serangkaian kejadian tak menyenangkan yang melibatkan keinginan romantis Yashiro, ia tanpa sengaja terjerat ke dalam dunia supranatural, menjadi asisten Hanako-kun. Tak lama kemudian, ia mengetahui tugas Hanako-kun yang jarang diketahui: menjaga keseimbangan rapuh antara manusia dan arwah.