Ada sebuah rumor di Akademi Kamome bahwa di suatu tempat dalam area sekolah terdapat sebuah jam yang mengatur jalannya waktu di akademi tersebut. Jam itu dijaga oleh tiga penjaga waktu—masing-masing mewakili masa lalu, masa kini, dan masa depan. Namun, sebuah peristiwa tak terduga menimbulkan kekacauan, membuat para murid menua dengan cepat dan infrastruktur sekolah mulai runtuh.

Nene Yashiro dan Kou Minamoto meminta bantuan Hanako-kun, memulai petualangan baru untuk mencari siapa yang bertanggung jawab atas kekacauan ini. Namun, apa yang mereka temukan bukan hanya sekadar identitas para pelaku. Seiring dengan terungkapnya kebenaran tersembunyi dan terbentuknya janji-janji baru, para murid akademi beserta roh yang mendiami sekolah itu terseret dalam sebuah permainan takdir, di mana yang hidup berjuang untuk membebaskan diri dari cengkeramannya.