Minato Sahashi, pemuda 19 tahun yang berjuang namun brilian, gagal dalam ujian masuk perguruan tinggi untuk kedua kalinya, yang membuatnya dianggap tidak berharga oleh orang-orang di sekitarnya. Namun, masa depannya yang tampak suram berubah drastis ketika seorang wanita supernatural cantik jatuh dari langit dan memasuki hidupnya. Wanita itu, Musubi, adalah makhluk unik yang dikenal sebagai "Sekirei," makhluk luar angkasa humanoid dengan kemampuan luar biasa. Para alien ini dikenal karena mencium manusia pembawa gen Ashikabi untuk membangkitkan kekuatan tersembunyi lainnya di dalam diri mereka.

Menyadari potensi dalam diri pemuda yang tampaknya tak berarti itu, Musubi mencium Minato yang kebingungan, memulai ikatan di antara mereka berdua. Hal ini menyeretnya ke dunia Sekirei yang penuh risiko, di mana ia dan rekan barunya harus bersaing melawan yang lain dalam pertempuran untuk bertahan hidup yang disebut "Rencana Sekirei". Namun, tanpa sepengetahuan para kontestan, ada risiko yang jauh lebih besar daripada yang awalnya ditanggung dalam kompetisi tersebut.