Setelah akhirnya berhasil melarikan diri dari Penjara Green Dolphin Street, Jolyne Kuujou—bersama rekan-rekannya Ermes Costello dan Emporio Alniño—mengejar pendeta jahat Enrico Pucci melintasi negara bagian Florida. Sementara itu, sekutu Jolyne, Weather Report dan Narciso Anasui, berusaha menyusulnya untuk membantu menghentikan rencana Pucci. Dalam pengejaran terhadap sang pendeta, mereka harus menghadapi kelompok pengguna Stand musuh milik Pucci.

Ketika para sahabat Jolyne berjuang mempertaruhkan nyawa mereka, Pucci berpacu menuju Kennedy Space Center. Di sanalah ia berniat melaksanakan tujuan akhirnya, yang diyakininya sebagai misi suci yang dititipkan Tuhan kepadanya. Ia berusaha mewujudkan kehendak musuh bebuyutan keluarga Joestar, Dio Brando—dengan merampas kehendak bebas manusia dan menjadikan mereka budak takdir—untuk menciptakan dunia di mana seluruh umat manusia hidup dalam kebahagiaan semu.

Tidak dapat lagi mengandalkan bantuan ayahnya, Joutarou, yang berada dalam kondisi koma, Jolyne harus memanfaatkan semua yang telah ia pelajari di dalam penjara untuk menghadapi Pucci dalam pertempuran klimaks, sementara nasib dunia berada di ujung tanduk.