Tahun 1999. Morioh, sebuah kota yang biasanya tenang dan damai, belakangan ini menjadi pusat dari berbagai kejadian aneh. Joutarou Kuujou, yang kini bekerja sebagai ahli biologi kelautan, pergi ke kota misterius tersebut untuk bertemu dengan Jousuke Higashikata. Meskipun awalnya terlihat seperti orang asing, sebenarnya Jousuke adalah anak tidak sah dari kakek Joutarou, Joseph Joestar. Saat pertemuan itu, Joutarou menyadari bahwa dirinya mungkin memiliki lebih banyak kesamaan dengan Jousuke daripada sekadar hubungan darah.

Bersama Kouichi Hirose yang berkepribadian lembut dan Okuyasu Nijimura yang bersemangat, mereka bertekad untuk menyelidiki serangkaian kasus hilangnya orang dan berbagai kejadian mencurigakan di Morioh. Dengan bantuan kekuatan Stand, keempatnya harus menghadapi bahaya di setiap sudut jalan, karena hanya merekalah yang dapat mengungkap rahasia kelam kota itu sebelum terjadi tragedi lainnya.